L'horloge
atomique n'est pour autant pas infaillible. En plus d'inconvénients certains de par son volume (souvent très important), sa
dangerosité (radiations nucléaires) et son prix, elle n'assure pas une précision absolue dans les mesures.
Si elle dérive extrêmement peu, son fonctionnement
peut aussi être altéré à courte échelle. La chaleur est l'une des
sources majeures de dysfonctionnement : en effet qui dit chaleur dit
énergie, et c'est justement ce trop plein d'énergie, préjudiciable
à la bonne marche des horloges atomiques, qui influe sur l'émission d'énergie de l'atome de
Césium et sa longueur d'onde. Le rayonnement de l'atome est donc
modifié, certes très légèrement, mais à long terme cela peut
prendre de plus grandes proportions.
Autre
problème que les horloges atomiques ne règlent pas : celui des
saisons et celui de la vitesse de rotation de la Terre (non
constante), qui influencent directement la durée d'une journée. Pour
cela il est donc nécessaire de recaler les horloges environ tous les
2 mois pour qu'il n'y ait pas d'incohérence entre le temps solaire
et le temps atomique. Pour les recaler, il suffit de retirer à
intervalle réguliers une ou deux secondes au T.U.C. Ces secondes
enlevées sont dites secondes intercalaires.
Malgré ces quelques dysfonctionnements et la nécessité de
la recaler environ tous les deux mois, l'horloge atomique à jet de césium 133 reste à
l'heure actuelle un des instruments de mesure du temps les plus fiables (10^-15).